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科學(xué)家們對寄生植物Pilostyles aethiopica進(jìn)行了測序，這種植物生活在其他植物內(nèi)部，科學(xué)只有在開花時才能看到。團(tuán)隊合肥外圍女模特平臺（外圍模特）外圍女（電話微信181-8279-1445）高端外圍預(yù)約快速安排30分鐘到達(dá)DNA測序?qū)@種植物所在的使用示植A生類群進(jìn)行了重新分類。來源：uux.cn/Sidonie Bellot，字母RBG Kew
（神秘的傳密地球uux.cn）據(jù)英國皇家植物園：英國皇家植物園領(lǐng)導(dǎo)的279名科學(xué)家組成的國際團(tuán)隊今天（4月24日）在《自然》雜志上發(fā)表了一篇新論文，介紹了對開花植物生命樹的碼揭命樹最新了解。
這一令人難以置信的全球成就利用了來自9500多個物種的18億個字母的遺傳密碼，涵蓋了近8000個已知的科學(xué)開花植物屬（約60%），為開花植物的團(tuán)隊進(jìn)化史及其在地球上的生態(tài)優(yōu)勢提供了新的線索。
該研究的使用示植A生作者認(rèn)為，這些數(shù)據(jù)將有助于未來在氣候變化和生物多樣性喪失的字母情況下識別新物種、完善植物分類、傳密發(fā)現(xiàn)新的碼揭命樹藥用化合物以及保護(hù)植物。
這一植物科學(xué)的全球重要里程碑，由邱領(lǐng)導(dǎo)，涉及138個國際組織，建立在比任何對開花植物生命樹的可比研究都多15倍的數(shù)據(jù)之上。在為這項研究測序的物種中，有800多個以前從未進(jìn)行過DNA測序。
這項研究解鎖的合肥外圍女模特平臺（外圍模特）外圍女（電話微信181-8279-1445）高端外圍預(yù)約快速安排30分鐘到達(dá)數(shù)據(jù)量之大，需要一臺計算機(jī)18年的時間來處理，這是朝著為所有33萬種已知開花植物建造生命之樹邁出的一大步——這是邱生命之樹倡議的一項重大任務(wù)。
RBG Kew研究員Alexandre Zuntini博士表示，“分析這一前所未有的數(shù)據(jù)量，以解碼隱藏在數(shù)百萬個DNA序列中的信息，是一個巨大的挑戰(zhàn)。但這也為重新評估和擴(kuò)展我們對植物生命樹的知識提供了獨特的機(jī)會，為探索植物進(jìn)化的復(fù)雜性打開了一扇新的窗口。”

被子植物生命樹建立在比可比研究多15倍的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上，涉及9500多種不同開花植物的測序。來源：uux.cn/RBG Kew
解鎖歷史植物標(biāo)本館標(biāo)本進(jìn)行尖端研究
開花植物生命樹，就像我們自己的家譜一樣，使我們能夠了解不同物種之間的關(guān)系。生命之樹是通過比較不同物種之間的DNA序列來發(fā)現(xiàn)的，以識別隨著時間的推移而積累的變化（突變），就像分子化石記錄一樣。
隨著DNA測序技術(shù)的進(jìn)步，我們對生命之樹的理解正在迅速提高。在這項研究中，開發(fā)了新的基因組技術(shù)，從每個樣本中磁性捕獲數(shù)百個基因和數(shù)十萬個遺傳密碼字母，比早期的方法多了幾個數(shù)量級。
該團(tuán)隊方法的一個關(guān)鍵優(yōu)勢是，即使DNA嚴(yán)重受損，也能對各種各樣的植物材料進(jìn)行測序，包括新舊植物材料。世界植物標(biāo)本館收藏的大量干燥植物材料寶庫，包括近4億個植物科學(xué)標(biāo)本，現(xiàn)在可以進(jìn)行基因研究。
利用這些標(biāo)本，該團(tuán)隊成功地對近200年前在尼泊爾采集的一個沙蒿標(biāo)本（全球沙蒿）進(jìn)行了測序，盡管其DNA質(zhì)量較差，但仍能將其放入生命之樹。
該團(tuán)隊甚至分析了已經(jīng)滅絕的植物，比如瓜達(dá)盧佩島橄欖（Hespeelaea palmeri），自1875年以來就沒有人見過它活著。事實上，根據(jù)世界自然保護(hù)聯(lián)盟紅色名錄，已測序的物種中有511個已經(jīng)面臨滅絕的風(fēng)險，其中還有三個類似于已經(jīng)滅絕的赫斯佩拉。
生命之樹高級研究負(fù)責(zé)人William Baker教授說：“在許多方面，這種新穎的方法使我們能夠通過利用歷史植物標(biāo)本館中的豐富數(shù)據(jù)與過去的植物學(xué)家合作，其中一些標(biāo)本早在19世紀(jì)初就被收集到了。
“我們杰出的前輩，如查爾斯·達(dá)爾文或約瑟夫·胡克，無法預(yù)料這些標(biāo)本在今天的基因組研究中會有多么重要。DNA甚至在他們的一生中都沒有被發(fā)現(xiàn)！
“我們的工作表明，這些令人難以置信的植物博物館對地球上生命的開創(chuàng)性研究是多么重要。誰知道它們還有哪些未被發(fā)現(xiàn)的科學(xué)機(jī)會呢？”
在測序的9506個物種中，3400多個來自48個國家的163個草藥庫。來自世界各地植物收藏的額外材料（如DNA庫、種子、活體收藏）對于填補(bǔ)關(guān)鍵知識空白至關(guān)重要，從而為開花植物進(jìn)化史提供新的線索。該團(tuán)隊還受益于1900多個物種的公開數(shù)據(jù)，突出了開放科學(xué)方法對未來基因組研究的價值。
揭示達(dá)爾文令人憎惡的奧秘
僅開花植物就占陸地上所有已知植物生命的90%左右，在地球上幾乎無處不在——從最潮濕的熱帶到南極半島的巖石露頭。然而，我們對這些植物是如何在起源后不久就占據(jù)主導(dǎo)地位的理解，讓包括查爾斯·達(dá)爾文在內(nèi)的幾代科學(xué)家感到困惑。
開花植物起源于1.4億多年前，之后它們迅速超過了其他維管植物，包括它們現(xiàn)存的近親裸子植物（種子裸露的非開花植物，如蘇鐵、針葉樹和銀杏）。
達(dá)爾文對化石記錄中突然出現(xiàn)的這種多樣性感到困惑。在1879年寫給他的密友、RBG邱園主任Joseph Dalton Hooker的一封信中，他寫道：“據(jù)我們所知，在最近的地質(zhì)時代，所有高等植物的快速發(fā)展是一個令人憎惡的謎。”
利用200塊化石，作者根據(jù)時間縮放了他們的生命樹，揭示了開花植物是如何在地質(zhì)時期進(jìn)化的。他們發(fā)現(xiàn)，早花植物的多樣性確實激增，在它們起源后不久就產(chǎn)生了今天存在的80%以上的主要譜系。
然而，在接下來的1億年里，這一趨勢下降到了一個更穩(wěn)定的速度，直到大約4000萬年前，隨著全球氣溫的下降，多樣化再次激增。這些新的見解會讓達(dá)爾文著迷，肯定會幫助今天的科學(xué)家應(yīng)對理解物種如何以及為什么多樣化的挑戰(zhàn)。

為這項研究測序的最古老的植物是納撒尼爾·沃利奇于1829年收集的一個干燥的全球阿倫納利植物標(biāo)本館標(biāo)本。來源：RBG Kew
真正的全球合作
如果沒有邱大學(xué)的科學(xué)家與全球許多合作伙伴的合作，組裝一棵如此廣泛的生命樹是不可能的。總共有279名作者參與了這項研究，他們代表了來自27個國家138個組織的許多不同國籍。其中包括澳大利亞植物基因組學(xué)（GAP）聯(lián)盟，他們是該團(tuán)隊技術(shù)的早期采用者，并與邱園密切合作，最大限度地增加樹上的澳大利亞植物物種數(shù)量。
國際合作者還分享了他們獨特的植物學(xué)專業(yè)知識，以及許多來自世界各地的珍貴植物樣本，如果沒有他們的幫助，這些樣本是無法獲得的。這棵樹的綜合性在很大程度上是這種奇妙伙伴關(guān)系的結(jié)果。
澳大利亞生物平臺公司項目經(jīng)理、GAP聯(lián)盟的Mabel Lum博士表示：“我們很自豪能成為RBG Kew建立全球研究基礎(chǔ)設(shè)施的主要合作伙伴和合作者，以促進(jìn)我們對開花植物生命樹的理解。這一富有成果的合作強(qiáng)調(diào)了我們致力于促進(jìn)科學(xué)研究的創(chuàng)新和合作，為未來的發(fā)現(xiàn)提供了跳板，這將有助于塑造我們對未來幾代人自然世界的理解。”

Alstonia spectabilis是一種對當(dāng)?shù)氐骂D人具有重要藥用價值的物種，并首次被測序。來源：uux.cn/RBG Kew
好好利用生命之樹
開花植物生命樹在生物多樣性研究中具有巨大的潛力。這是因為，正如人們可以根據(jù)元素在周期表中的位置來預(yù)測元素的性質(zhì)一樣，物種在生命樹中的位置也讓我們能夠預(yù)測其性質(zhì)。因此，這些新數(shù)據(jù)將對加強(qiáng)許多科學(xué)領(lǐng)域及其他領(lǐng)域具有寶貴價值。
為了實現(xiàn)這一點，公眾和科學(xué)界都可以公開、自由地訪問這棵樹和支撐它的所有數(shù)據(jù)，包括通過邱園生命樹探索者。該研究的作者認(rèn)為，這種開放獲取是全球科學(xué)數(shù)據(jù)民主化的關(guān)鍵。
開放獲取還將幫助科學(xué)家充分利用這些數(shù)據(jù)，例如將其與人工智能相結(jié)合，預(yù)測哪些植物物種可能包括具有藥用潛力的分子。同樣，生命之樹可以用來更好地了解和預(yù)測病蟲害未來將如何影響英國的植物。作者指出，最終，這些數(shù)據(jù)的應(yīng)用將由訪問這些數(shù)據(jù)的科學(xué)家的獨創(chuàng)性驅(qū)動。
RBG邱園高級研究負(fù)責(zé)人Melanie Jayne Howes博士不是這項研究的作者，但她將在研究中利用這些數(shù)據(jù)，她說：“植物化學(xué)物質(zhì)激發(fā)了許多藥物的靈感，但在幫助未來藥物發(fā)現(xiàn)方面仍有巨大的未開發(fā)潛力。挑戰(zhàn)在于知道在從約33萬種開花植物中尋找新藥的過程中應(yīng)該科學(xué)地研究哪種。”。
“在邱大學(xué)，我們正在應(yīng)用人工智能來預(yù)測哪些植物物種含有對瘧疾有藥用潛力的化學(xué)物質(zhì)。這一龐大的新數(shù)據(jù)集的可用性為加強(qiáng)這些預(yù)測提供了令人興奮的機(jī)會，從而加快了從植物中發(fā)現(xiàn)瘧疾和其他疾病的藥物。”

這棵新的生命樹重新分類了寬花菊的科和屬，寬花菊是一種結(jié)著奇異果實的熱帶小樹。來源：uux.cn/Danilo Tandang
開花植物生命樹中的杰出物種
因野生山羊而滅絕：Hespeelaea palmeri，也稱為瓜達(dá)盧佩島橄欖（olivo de la Isla de Guadalupe）。根據(jù)1875年醫(yī)生愛德華·帕爾默在墨西哥下加利福尼亞州瓜達(dá)盧佩島采集的邱園植物標(biāo)本進(jìn)行測序。一種屬于橄欖科（木犀科）的樹，由于非本地山羊過度放牧，現(xiàn)已滅絕。
已測序的最古老的標(biāo)本：格氏Arenaria globiflora，也被稱為尼泊爾沙蒿。根據(jù)1829年納撒尼爾·沃利奇在邱園采集的植物標(biāo)本進(jìn)行測序。這個引人注目的標(biāo)本來自一種生長在海拔3600米以上的喜馬拉雅山植物。
寄生植物家族之謎被解開：毛柄菌，莖吸盤科（Apodathaceae）的成員。根據(jù)Kew的Sidonie Bellot于2012年在津巴布韋收集的植物組織測序。這種奇怪的寄生蟲生活在其他植物的樹枝里，只有當(dāng)它開花時才能看到。此前人們認(rèn)為它與南瓜和秋海棠（Cucurbitals）有密切的親緣關(guān)系，研究發(fā)現(xiàn)它屬于Malpighiales群。
奇特的熱帶樹木，重新分類：寬花菊，黃山毛櫸科（Stemonuraceae）的成員。根據(jù)1993年在印度尼西亞新幾內(nèi)亞采集的邱園植物標(biāo)本進(jìn)行測序。這種熱帶小樹結(jié)著奇異的針果，以前被歸入冬青科。新生命樹將其屬和科重新分類到一個全新的目中。
胡克19世紀(jì)50年代喜馬拉雅山探險隊的竹子：頭倒立草，禾本科植物。根據(jù)1850年RBG Kew的第二任主任Joseph Hooker和他的朋友Thomas Thomson在印度采集的植物標(biāo)本進(jìn)行測序。
首次對藥用植物進(jìn)行測序：壯觀的Alstonia spectabilis，也被特頓人稱為Kroti metan。根據(jù)1954年在巴布亞新幾內(nèi)亞采集的邱園植物標(biāo)本進(jìn)行測序。這棵20米高的大樹生長在東南亞和澳大利亞的熱帶雨林中。盡管對西帝汶的德頓人來說，治療瘧疾在醫(yī)學(xué)上很重要，也是一種寶貴的木材來源，但其DNA以前從未被測序過。